Un an a passé depuis de la défaite de l'Organisation XIII face à Sora, le héros de la Lumière. Beaucoup ont disparu pendant ces temps troublés. Sora, de retour sur son île avec ses amis Riku et Kairi, n'a eu de cesse de trouver un moyen de retrouver les êtres chers qu'il a perdu. Mickey, à l'aide de Maître Yen Sid, continua d'étudier le Kingdom Hearts tout en régnant sur Disneyville.

Alors qu'ils observaient le Cœur des Mondes, celui-ci dégagea soudainement une vive lumière qui se répandit sur tous les mondes. Le Kingdom Hearts, pressentant une nouvelle menace, venait d'enclencher un mécanisme de protection et de créer une nouvelle serrure.

Maître Yen Sid cherche toujours à comprendre les conséquences de cet événement aussi incroyable qu'inattendu. Jusqu'ici, tout laisse à penser que sept nouvelles princesses de cœur ont été révélées, et par conséquent, qu'un nouvel "élu" de la Keyblade obtiendrait le pouvoir de libérer leurs cœurs et d'ouvrir la porte vers le Kingdom Hearts.

Cependant, aucune information sur les conséquences de cette Lumière n'a pu être découverte. Il semblerait qu'elle ait des effets particuliers sur toutes les Princesses de Cœur (plusieurs ont rapporté l'apparition d'un sigle sur une partie de leur corps) et une influence sur les failles qui séparent le Domaine de la Lumière de celui des Ténèbres.

La nature de cette nouvelle serrure reste à déterminer et le roi Mickey craint que les serrures de tous les mondes n'aient été réinitialisées et également dédoublées. Si c'était le cas, tous les efforts de Sora pour sceller les Cœurs des mondes, seraient réduits à néant.

Il ne restait donc plus que l'espoir que, si jamais les serrures étaient à nouveau ouvrables, que les Ténèbres ne le découvrent pas…

Afin de parer à cette nouvelle menace - à laquelle le Kingdom Hearts était déjà sensible - le roi Mickey fonda Braveheart, une armée de la Lumière destinée à protéger le Kingdom Hearts à n'importe quel prix et de contenir les Ténèbres. Mickey envoya une lettre sur l'île du Destin pour convoquer les trois amis à le rejoindre.

Pendant le laps de temps qui sépara l'apparition de la Lumière et la lettre du Roi, les protagonistes de la Lumière firent face à de nombreux événements : Kairi reçu une marque étrange comme plusieurs autres princesses de cœur, Aqua fut libérée de la Marge Noire grâce à un passage ouvert par la Lumière du Kingdom Hearts, Sora eu d'étranges visions d'un jeune garçon aux cheveux bleus qui tenait une keyblade.

A leur arrivée, le roi et Maître Yen Sid expliquèrent la situation aux trois amis. Ils introduirent Aqua, qui leur semblait étrangement familière… Mickey décida après cette réuninon de créer un détachement de Braveheart mené par Sora qui viserait à sécuriser les Serrures et un nouveau groupe : Les Gardiens, destinés à assurer la protection des princesses de cœur afin d'éviter ce qui avait failli tourner en catastrophe trois ans plus tôt.

Yen Sid fut chargé de continuer de récolter des informations sur le Kingdom Hearts et sa Lumière, Kairi rejoignit Aqua afin d'apprendre d'elle, tout commençait à s'organiser lorsque Sora constata l'absence de Riku. Il avait disparu… Avant d'entrer dans ses nouvelles fonctions, Sora décida de retrouver son ami. Au passage, il s'occuperait de vérifier l'état du flux de sans-cœur…

Mickey commença à faire des recherches sur l'état de l'organisation des forces des Ténèbres mais ces informations s'avérèrent plus difficile à trouver que prévu…

La Ligue de l'Ombre reste mystérieuse et discrète. Quel est son but ? Qui sont ses membres ? Que veulent-ils ? La Lumière ne connaît pas même l'existence de leur organisation…

Les Gardiens également éprouvent des difficultés à trouver les quatorze princesses. Car non seulement elles doivent être identifiées mais aussi retrouvées et enfin protégées. Trois princesses manquent à l'appel et une jeune femme est "surveillée" afin de déterminer s'il s'agit d'une princesse de cœur.

Now, it's time to make your way through the pathes of destiny.
This is your fate.

Note : Commencement destructions des mondes = 8 ans avant KH1, 2 ans après BBS. (à vérifier)
De KH1+KH COM = 1 an, KH2 = 1 an, avant la Lumière = 1 an, depuis la Lumière = 6 mois. Nous sommes donc très exactement trois ans et demi après les début des premières aventures de Sora.